Spatial Imaging Mass Cytometry and Transcriptomics – SIMCaT

La plateforme SIMCaT (Spatial Imaging Mass Cytometry and Transcriptomics), située à l’Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier (IRCM), est une plateforme de biologie spatiale de pointe dédiée à l’étude des tissus à l’échelle de la cellule unique. Première structure en France à s’être dotée du système d’imagerie par cytométrie de masse Hyperion, elle combine aujourd’hui trois analyseurs de dernière génération : le cytomètre de masse Helios XT, l’imageur Hyperion XTi (Standard BioTools) et le Xenium (10x Genomics).​

Technologies disponibles : 

• le Helios XT, un cytomètre de masse dédié à la protéomique de cellules en suspension.
• l’Hyperion XTi (Standard BioTools), un système d’imagerie par cytométrie de masse qui offre une cartographie protéique spatiale à l’échelle de la cellule unique sur coupes tissulaires.
• le Xenium (10x Genomics), une plateforme de transcriptomique spatiale in situ capable de mesurer l’expression de milliers de gènes.

Grâce au couple Helios/Hyperion, SIMCaT réalise des analyses de protéomique spatiale hautement multiplexées sur échantillons en suspension et sur coupes tissulaires, en utilisant des anticorps marqués par des isotopes métalliques détectés par spectrométrie de masse, ce qui permet de s’affranchir des limites de la fluorescence classique. La plateforme propose ainsi des panels complexes (jusqu’à 50 paramètres) et une large bibliothèque d’anticorps validés, adaptés à des tissus murins et humains pour explorer notamment les compartiments immunitaires et métaboliques.​

Avec l’acquisition récente du Xenium, SIMCaT a étendu son offre à la transcriptomique spatiale in situ, permettant la cartographie de l’expression génique à l’échelle de la cellule unique directement dans le tissu. Cette complémentarité protéomique–transcriptomique offre une vision intégrée du microenvironnement tumoral, particulièrement adaptée aux projets de recherche translationnelle en oncologie.​

Un continuum de services unique :

Contrairement aux plateformes qui se limitent à l’acquisition de données, SIMCaT se positionne comme un partenaire offrant :

1. Phase de conception : Co-construction du projet, conseil stratégique sur le design expérimental, optimisation des panels de marqueurs en fonction des objectifs scientifiques.
2. Phase de réalisation : Mise en œuvre expérimentale, acquisition de données multiparamétriques, contrôle qualité à chaque étape.
3. Phase d’analyse : Traitement bioinformatique avancé, mise en parralèle des données trancriptomique et protéomique généré par la plateforme, accompagnement à l’interprétation des resulatts.
4. Phase de valorisation : Support à la rédaction d’articles scientifiques, préparation de communications pour congrès, contribution aux dossiers de financement.

Une activité de R&D soutenue permet d’optimiser et de valider en interne les panels d’anticorps et protocoles, garantissant une haute robustesse des résultats et une adaptation fine aux besoins de chaque équipe.​

Recherche & Développement :

L’ambition R&D de la plateforme SIMCaT est de structurer, sur le long terme, une offre innovante en biologie spatiale, au‑delà du simple usage des technologies disponibles. SIMCaT ne se contente pas d’utiliser les technologies existantes. La plateforme investit activement dans la R&D afin de :

• Développer de nouveaux panels d’anticorps optimisés pour l’imagerie de masse
• Créer des pipelines bioinformatiques innovants adaptés aux spécificités de la biologie spatiale
• Intégrer de nouvelles modalités technologiques (Xenium) (XT, XTI, nouvelles plateformes de transcriptomique spatiale)

En parallèle, la plateforme contribue à l’établissement de standards méthodologiques et de bonnes pratiques, afin de fournir à la communauté scientifique des protocoles robustes et reproductibles pour l’analyse spatiale à haut contenu.

La plateforme SIMCaT a bénéficié du soutien financier de la Région Occitanie et de l’Union Européenne.